Bila Marie sebagai tulung punggung keluarga, Flora bertindak sebagai peletak dasar hidup rohani. Flora setia mendampingi tumbuh kembang iman anak-anaknya. Hal ini terbukti dengan ketertarikan Marie untuk menjadi biarawati. Tidak saja itu, dua adiknya Donald pun tertarik menjadi imam, ia lalu memilih menjadi Imam Serikat Yesus. Sementara Lexi, ia mengikuti jejak Marie menjadi biarawati.
Panggilan khusus ini berawal saat kepindahan keluarga MacKillop ke Penola, Australia Selatan. Marie masih 18 tahun, tetapi mendapat kepercayaan dari pamannya mengasuh anak-anak dari keluarga Cameron.
Tugas ini ia jalani dengan penuh tanggung jawab. Dalam perjalanan, Marie menyaksikan begitu banyak orang miskin yang tidak mendapatkan pendidikan. Ia lalu mengundang anak-anak malang itu untuk belajar bersama anak-anak Cameron. Keluarga tuan Cameron juga tidak keberatan mengizinkan rumahnya sebagai sekolah mini bagi Marie.
Dukungan tidak saja mengalir dari keluarga Cameron. Kepala paroki setempat, Pastor Julian Tenison Woods, sangat senang dengan pelayanan ini. Sejak kehadiran Marie, pendidikan anak usia dini di parokinya menjadi hidup. Berkat bantuan Pastor Tenison, berdirilah sebuah asrama bagi anak-anak miskin, Bay View House Seminary for Young Ladies, (sekarang dikenal dengan nama Bayview College).
Kongregasi Tukang Kayu Di asrama Bayview, Marie menyatakan diri sebagai seorang biarawati. Pada Hari Raya St Yosef, 19 maret 1866, Marie mengenakan baju hitam sederhana sebagai awal tekadnya sebagai biarawati. Langkah ini diikuti juga Lexi, keduanya mulai menjalani masa postulat di kongregasi baru yang didirikan dan didukung juga Pastor Tenison.
Pastor Tenison, kala itu, telah ditunjuk sebagai Sekretaris Keuskupan Agung Adelaide sekaligus Direktur Pendidikan wilayah Australia Selatan. Ia membantu juga dalam penyusunan regula untuk kongregasi baru ini. Ada empat poin regula itu, yaitu kemiskinan, mengandalkan penyelenggaraan Ilahi, melepaskan diri dari harta duniawi, dan siap diutus ke mana pun.
Suster Marie MacKillop secara resmi mengucapkan kaulnya pada 15 Agustus 1867 dengan mengambil nama Sr Maria dari Salib. Ia menjadi biarawati pertama sekaligus Superior Kongregasi St Josef dari Hati Kudus. Kongregasi ini menjadi kongregasi pertama yang didirikan Sr Marie dan Pastor Tenison di benua Australia.
Dari awalnya 10 remaja puteri miskin yang mendaftarkan diri, kini anggotanya hampir 1000 biarawati dengan 106 biara, 200 sekolah, dan 12 lembaga sosial yang menaungi lebih dari 1000 anak miskin. Dari rumah singgah di Penola, Sr Marie mendirikan susteran yang kelak menjadi rumah induk kongregasi di Grote Street, Adelaide, Australia.
Di susteran Grote, para postulan mendapatkan aneka ketrampilan. Spiritualitas St Josef, tukang kayu, menjiwai semangat kemiskinan para suster. Mereka hadir menyapa anak-anak miskin dan kurang beruntung.
Hukuman Ekskomunikasi
Di tengah perjalanan merawat panggilan para suster, sebuah rintangan menghadang langkah Sr Marie. Sejak Mgr James sakit-sakitan, terjadi kecemburuan di kalangan para imam. Beberapa klerus tidak menyukai Pastor Tenison. Mereka menganggap sang imam tidak handal dalam mengelola pendidikan.